最近話題にあがっているニュースですね。私も目にしました。

まず一つ目の質問の回答からですが、健康に関して体感できるような影響は今のところ全くありません。
強いて言うなら、プロテインを飲んでるときは間違いなくおならが臭くなるぐらいですね・・・笑
（参考に、私はだいたい一日に40g x 2ぐらいのプロテインを摂取しています。結構多いほうですね。）

肝臓と腎臓に負担をかけるということですが、まず大前提としてたんぱく質に限らずどのような栄養素でも過剰摂取は体に害ですね。
おそらくニュースで目にしたのはダイヤモンド・オンラインの記事だと思いますが、記事に「具体的にどれくらいのプロテイン量が健康を害するのか」についての言及が書いていないので、そのニュースだけで今後摂取量をどうすべきかを判断するのは難しいです。

そもそも日本人は日々の食生活でたんぱく質の摂取量が少ないため、私個人の考えとしては積極的にプロテインは摂取したほうがいいと思いますね（もちろん度を過ぎた摂取は害になるでしょうが）。
厚生労働省は、生活習慣病などの予防のために成人男性の一日のたんぱく質推奨摂取量を60gと具体的に設定しています。日々の食事だけでまずこの値はクリアしているでしょうか？調べてみると面白いかもしれません。

色々な理由があり私自身はプロテインの常識的な量の摂取について問題視はしていませんが、もし気になるようであればざっくりとでいいのでまず日々の食事だけで推奨摂取量の60gに達してるかどうかをチェックしたのち、不足していればプロテインで不足分を摂取という形からスタートしてみてはいかがでしょうか。

ちょっと面白い話題なので、記事でもっと詳細に取扱いたいと思いますので、更新をお待ちくださいm(_)m

自分もsavasのプロテインを飲んでいるのですが、ニュースでプロテインの摂取は肝臓と腎臓に負担をかけるのでよくない、という記事をみかけたのですが健康などになにか影響はありましたか？

また、健康面と筋トレどういう配分で今後気にかけていくのがよいと思いますか？これからもプロテインを摂取していくべきか現状迷っています。

長文失礼しました。よろしければ回答お願いしたす。